Vor zwei Jahren gab es mal eine experimentelle Version von Shadowplay, weiß nicht, ob das mittlerweile mal in der normalen Version mit inbegriffen ist.

In dem gibt es die Möglichkeit, beide Tonspuren (Mikro und PC Sounds) getrennt aufzunehmen.
Wenn du das über den Media Player startest kann es sein, dass du nur eine der beiden Tonspuren hörst.

Hast du ein Schnittprogramm, dass das Arbeiten mit mehreren Tonspuren unterstützt?
Dann zieh die Datei einfach mal rein und schau, ob du wirklich zwei Tonspuren hast.