Das liegt daran, dass dein Spiel im Vollbildmodus alleine geladen wird und der Desktop nicht mehr nachgeladen wird. (Deshalb hast du auch kurz einen schwarzen Bildschirm, wenn du rein-/raustabbst) Zudem kann dein Spiel die Grafikeinstellungen für sich optimieren, wenn es im Vollbild gestartet ist.
Sollte dein Spiel sich jedoch im randlosen Fenstermodus befinden, wird auch der Desktop weiterhin nachgeladen.

Soweit ich informiert bin, kann ein Spiel im randlosen Fenster nicht die Einstellungen direkt anpassen, weshalb deine Auflösung, Einstellungen etc. im Desktopmodus bleiben.
Mit der oben genannten Situation sollte sich meine These also bestätigen.

Das einzige was du da machen könntest, wäre deine Einstellungen manuell so anzupassen, wie sie bei MTA umgestellt werden.(natürlich kannst du das nicht 1 zu 1 machen, aber vielleicht findest du ja sogar Einstellungen, die dir besser gefallen)

Ansonsten musst du wohl mit einem dunkleren Bild leben, oder stellst dein MTA wieder auf Vollbild um.